В начальной школе реализуется Федеральный государственный образовательный стандарт начального общего образования (ФГОС НОО). Обучение закладывает основу формирования учебной деятельности ребёнка – систему учебных и познавательных мотивов, умение принимать, сохранять, реализовывать учебные цели, планировать, контролировать и оценивать учебные действия и их результат. Обучение для первоклассников проходит в игровой форме, так как это наиболее естественная среда для учеников начальных классов. Результаты обучения фиксируются и достижения ученика (грамоты, дипломы, награды, благодарности, результаты тестов и т.д.) собираются в портфолио.
Помимо учебной нагрузки выделяется дополнительно до 8 часов внеурочной деятельности, которая организуется во второй половине дня. Внеурочная деятельность способствует проявлению и развитию ребенком своих интересов на основе свободного выбора, постижения духовно-нравственных ценностей и культурных традиций.
Обучение в МБОУ Школа № 46 г.о. Самара в начальной школе проводится по программt УМК «Школа России».

"Школа Росcии" - это учебно-методический комплект для 4-летней начальной школы. УМК постоянно обновляется и является надёжным инструментом реализации стандарта второго поколения. УМК "Школа России" включает в себя завершенные линии учебников по всем основным предметам начального образования:
- Русский язык. Авторы: Канакина В.П., Горецкий В.Г.
- Русская азбука. Авторы: Горецкий В.Г., Кирюшкин В.А., Шанько А.Ф.
- Литературное чтение. Автор Климанова Л.Ф.
- Математика. Авторы: Моро М.И. и др.
- Окружающий мир. Автор Плешаков А.А.
В комплект входят учебники и учебные пособия нового поколения, отвечающие требованиям к современной учебной книге. При этом в нем бережно сохранены лучшие традиции русской школы, учитывающие известные принципы дидактики, в частности учет возрастных особенностей детей, постепенное нарастание трудности в предъявлении учебного материала и др. Авторы учебников и учебных пособий взяли на вооружение все лучшее, что было накоплено и апробировано в практике отечественной школы, материал доступен для учащихся младшего школьного возраста, гарантирует достижение положительных результатов в обучении и реальные возможности личностного развития ребенка. Комплект учебников «Школа России» представляет собой целостную модель начальной школы, построенную на единых концептуальных основах и имеющую полное программно-методическое обеспечение.